Головною метою ФАБФ АПКУ є об’єднання зусиль членів Федерації для сприяння розвитку та підвищення статусу професій бухгалтера та фінансиста, сприяння розробці нових і вдосконаленню діючих механізмів організації та методології фінансів, бухгалтерського обліку, контролю та аудиту в агропромисловому виробництві.