Світова практика доводить, що гарантією якості облікової інформації є професійна кваліфікація бухгалтерів, яка забезпечується через систему сертифікації та постійного підвищення кваліфікації фахівців. У Федерації цей процес реалізується у відповідності до Положення про підготовку, сертифікацію та постійне підвищення кваліфікації членів Федерації

Сертифікація бухгалтерів і аудиторів в Україні - це невід'ємна складова реформування бухгалтерського обліку, яка сприяє підвищенню кваліфікації і зростанню престижу професії; зниженню рівня ризику для учасників фондового ринку і фінансових інститутів; гармонізації національної системи професійної підготовки бухгалтерів і аудиторів з міжнародними принципами; підвищенню ефективності системи корпоративного управління; посиленню контролю за дотриманням норм професійної етики бухгалтерів і аудиторів.

Федерацією здійснюється професійна сертифікація та підвищення кваліфікації бухгалтерів та аудиторів за програмами:

• САР - "Сертифікований бухгалтер-практик"
• СІРА - "Сертифікований міжнародний професійний бухгалтер"
• САРА - "Сертифікований професійний бухгалтер агробізнесу"
• CAPS - "Сертифікований бухгалтер в бюджетній сфері"

Навчання за даними прграмами проводить Інститут обліку і фінансів.